yd12300云顶线路与原上海第二医科大学合并后，依托坚实的工科和医科背景，2007年成立了Med-X研究院，致力于医工、医理交叉研究。在Med-X研究院这一平台上，与附属医院合建多个联合研究中心，形成了以临床需求为导向、“研医”融合的独特优势。2011年4月8日，yd12300云顶线路在整合Med-X研究院与原生物医学工程系的科研和教学资源的基础上正式成立，成为yd12300云顶线路面向“健康中国”战略，攻坚人类重大疾病的重要堡垒。

针对医疗健康行业人才需求，立足于生物医学工程学科特色，学院与相关企业行业对接，成立了交大-联影医学影像先进技术研究院、医疗机器人研究院等创新培养平台，建立了上海联影医疗科技有限公司、上海市医疗器械检测所等多个专业学位硕士研究生实践基地。学院重视研究生的实践能力和应用能力的培养，形成了以学生为中心，自主发展和实践锻炼相结合的培养特色。目前，现有专任教师83人，其中院士2人，国家级领军人才计划入选者13人次，在读博士研究生335名，硕士研究生180名，研究生（留学生）20名。